В соответствии со второй главой предложенной методики определяется ущерб, который был причинён различным водоёмам в следствие того, что были нарушены положения законодательства, действующие в сфере рыболовства и сбережения водных биологических ресурсов. Кроме этого, учитываются в методике и воздействия стихийных бедствий, аварийных ситуаций как техногенного, так и природного характера, аномальные природные явления.
На основании третьей главы разработанной методики можно определить размер причинённого вреда водоёмам, которые были получены в результате запланированной хозяйственной и другой деятельности, негативно сказавшейся на состоянии водных биоресурсов, а также среды их постоянного обитания.
После того, как данная методика вступит в силу, существующие до этого нормативные документы утратят свою силу. Так, нельзя будет использовать для оценки вреда, причинённого водоёмам следующие нормативные документы:
- методику подсчёта ущерба, который был нанесён рыбному хозяйству путём сброса в водоёмы, предназначенные для рыболовства, сточных вод и иных отходов. Данный документ был утверждён ещё 16 августа 1967 года Министерством рыбного хозяйства СССР;
- методику оценки ущерба, который был причинён рыбоному хозяйству из-за нарушения правил охраны рыбных ресурсов и рыболовства. Этой методикой пользовались без каких-либо изменений с 1974 года;
- временную методику оценки причинённого ущерба, который был нанесён водным ресурсам из-за строительства, расширения, реконструкций различных сооружений и предприятий, а также множества других объектов и проведения некоторых видов работ, осуществляемых на территории рыбохозяйственных водоёмов. Этот документ использовался с 1989 года и был утверждён Министерством рыбного хозяйства и Государственным комитетом природы СССР.
Принятие новой методики должно учитываться хозяйствующими субъектами, которые подают заявки, чтобы согласовать размещение различных объектов и внедрение новых инновационных технологий, способных оказать значительное влияние на состояние водных биоресурсов, а также среду их постоянного обитания. Отныне оценка ущерба, который был нанесён водоёмам, имеющим рыбохозяйственное назначение и являющимся средой обитания биоресурсов, выполняется на основе методики и положений действующего законодательства РФ.